Detto anche Palazzo del Bargello o del Capitano del Popolo, fu edificato tra il 1472 e il 1481 dai lombardi Gasperino d'Antonio e Leone di Matteo in corrispondenza di quella che, fino al 1202, era una vecchia prigione. Questo si presentava più alto di un piano rispetto a come lo vediamo oggi ed era caratterizzato da un'elegante merlatura guelfa (simile a quella ancora presente su Palazzo dei Priori), poi danneggiati e demoliti in seguito al terremoto del 1741. Nella lunetta posta sopra il portale è possibile notare una statua con una spada ed un enigmatico sorriso sul volto identificabile con la Giustizia; sotto invece si legge la scritta "Iustitia virtutum domina (Signora della virtù della giustizia)", con la data 1472. Ai lati sono presenti invece due grifi che artigliano rispettivamente un vitello ed un montone.

Nei primi quattro anni, per iniziativa dell'Ospedale di S. Maria della Misericordia, fu realizzata una lunga teoria di botteghe prospicienti la piazza, che dovevano unire il palazzo del Capitano del Popolo ai preesistenti fabbricati dell'Ospedale presenti in via Oberdan.

A partire dal 1483 iniziarono i lavori per la sopraelevazione delle botteghe ad opera di Gasperino d'Antonio a cui prese parte anche Fiorenzo di Lorenzo (1440 -1525), cui sono da attribuire le diciotto splendide finestre crociate sugli architravi dalle quali campeggia una frase biblica. Questi si conclusero nel 1512 per il volere di Papa Sisto IV della Rovere che vi trasferì lo Studium Perugino (Università degli Studi di Perugia). Nei primi anni dell'Ottocento, in concomitanza con l'occupazione napoleonica, visto il trasferimento dell'Università nell'ex convento degli Olivetani a Montemorcino, sia il palazzo del Capitano del Popolo che l'attiguo edificio dello Studium furono destinati ad ospitare gli uffici giudiziari che vi troviamo ancora oggi.

Gli affreschi oggetto del restauro si trovano a fianco del portale, nella loggia del Banditore, luogo da cui si promulgavano gli editti e le ordinanze dei magistrati.